Buscador de Genes en Java
Para entender este programa hay que tener en cuenta unos cuantos aspectos del campo de la genética.
Cada tres bases de una cadena de ADN codifican un aminoácido de una proteína.
Existe una secuencia especial de bases de la cadena, ATG, que es una especie de “marca” del principio de un gen, esto es, una secuencia de bases que codifica una determinada proteína. También existen tres secuencias diferentes de fin de gen. Podemos a partir de una cadena de ADN contar cuántos genes tiene contando el número de veces que ocurre la tripleta ATG.
Este programa genera una cadena aleatoria de ADN de una longitud introducida por el usuario. Posteriormente busca entre esa cadena de ADN generada aleatoriamente la cantidad de genes que se encuentran en ella.
Es un programa bastante sencillo. Se puede volver más complejo dependiendo de las características y funcionalidad que queramos añadirle.
import java.io.*;
public class BuscadorDeGenes {
public static void main(String[] args) {
int contador=0, posicion =-1;
System.out.println("Introduzca la longitud que desea en la cadena aleatoria generada:");
try{
BufferedReader consola=new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
int longitud=Integer.parseInt(consola.readLine());
System.out.println("La Cadena Aleatoria producida es:");
String cadena=producircadenaaleatoria(longitud);
System.out.println(cadena);
System.out.println("El numero de genes en la cadena es de: "+contador(cadena, contador, posicion));
}catch(IOException ex){
System.out.println("Error");
}
}
public static String producircadenaaleatoria(int longitud){
String cadena="";
int i=0;
do{
int opcion=(int)(Math.random()*10);
switch(opcion%4){
case 0: cadena=cadena+"A";break;
case 1: cadena=cadena+"C";break;
case 2: cadena=cadena+"G";break;
case 3: cadena=cadena+"T";break;
}
i++;
}while(i!=longitud);
return cadena;
}
public static int contador(String cadena, int contador, int posicion){
posicion++;
String subcadena=cadena.substring(posicion,(posicion+3));
if(subcadena.equals("ATG")&&posicion<(cadena.length()-3)){
contador++;
contador=contador(cadena,contador,posicion);
}
else if(subcadena.equals("ATG")==false&&posicion<(cadena.length()-3)){
contador=contador(cadena,contador,posicion);
}
else{
return contador;
}
return contador;
}
}